התקן האורגני האירופי מוסדר בחקיקה Council Regulation (EEC) No. 834/2007. התקן האורגני האירופי הינו מקביל/שווה ערך לתקן הישראלי, כך שהכללים שנקבעו בחקיקה הישראלית זהים לאלו בחקיקה האירופית. משרד החקלאות (PPIS) הוא הרגולטור של התחום האורגני בישראל לתוצרת המיועדת לייצוא לאירופה, מתוקף הסכם שנחתם בין ישראל לנציבות האיחוד האירופי בבריסל. מטרת הפיקוח היא לשמור על אמינות המוצר האורגני, בהתאם לתקנות, בכדי להבטיח לצרכן שרוכש מוצר המסומן בסימון אורגני כי המוצר אכן עומד בדרישות האירופיות. המכון לבקרה ואיכות – IQC הוסמך על ידי השרותים להגנת הצומח במשרד החקלאות (PPIS) בשנת 2004 לפקח ולאשר ארגונים לתקן האורגני המייעדים את תוצרתם/מוצריהם למדינות האיחוד האירופי. ל- IQC צוות סוקרים מיומן ומקצועי, כולם אגרונומים שעברו הכשרה והוסמכו לפקח בתחום האורגני. האישור ניתן למוצר שמסומן בלוגו הממתג אותו כ"אורגני" בלוגו מתאים.
לתקן דרישות שונות מארגונים בתחומים שונים לפי תחום העיסוק של הארגון. העיקרון הבסיסי הוא שמירה על שרשרת הפיקוח של המוצר האורגני מחומרי הגלם ועד אספקתו לצרכן. ·כל התשומות בכל שלב של הייצור חייבות להיות מאושרות אורגני (או בהתאם לתקנות) הייצור חייב להיות נפרד לחלוטין מייצור מוצרים שאינם אורגניים – הפרדה במקום הייצור או הפרדה בזמן הייצור. חלקה המיועדת לגידול אורגני חייבת לעבור הסבה לגידול אורגני; למשך שלש שנים בגידול רב שנתי או שנתיים בגידולים חד שנתיים. ניתן לקצר את תקופת ההסבה אם מתקיימים תנאים מסויימים. במהלך תקופת ההסבה המגדל יימצא תחת פיקוח אורגני מלא, אך לא יוכל למכור את תוצרתו כאורגנית. חלק מתהליך הפיקוח האורגני כולל נטילת דוגמאות לבדיקת שאריות חומרי הדברה במוצר/תוצרת באחת מהמעבדות המוכרות ע"י PPIS. כל הבדיקות מתבצעות בשיטת GC/MS וכן בשיטת LC/MS.
ארגונים בתעשייה החקלאית ותשומותיה (ייצור קומפוסט, זרעים/שתילים, וגידולים אורגניים וכד') וכן ארגונים מתעשיית המזון המעובד (מפעלי מזון) לכל אורך שרשרת הטיפול במוצר, החל מחומר הריבוי, דרך הגידול, אריזה, שינוע ועיבוד מוצרים אורגניים באופן עצמאי או במשולב כחלק ממבדק לתקנים נוספים.